El agente Michael Thorton es el miembro más reciente de "Alpha Protocol", un servicio clandestino creado para llevar a cabo operaciones encubiertas fuera de la responsabilidad del gobierno de Estados Unidos. Su misión inicial es asesinar al líder de Al-Samad, Shaheed, después de un ataque terrorista contra un avión de pasajeros en el Medio Oriente. Después de capturar Shaheed (quien Thorton puede, o bien ejecutar o liberar) según el líder terrorista Halbech, un contratista de defensa, le vendió los misiles y le dio toda la información necesaria para llevar a cabo el ataque. Después de la transmisión de la información, Thorton es atacado por un ataque con misiles y es dado por muerto. Es contactado por un miembro de AP, el cual informa a Thorton que el grupo ha sido infiltrado por miembros de Halbech que quieren a Thorton muerto, para encubrir el hecho de que Halbech proporcionó los misiles Al-Samad.
