Killzone se centra en el control del capitán Jan Templar miembro de ISA que con la ayuda de su equipo, tendrá como objetivo repeler la invasión de los Helghast y hacerlos retroceder a cualquier precio. Durante el trayecto, Templar se encontrará con nuevos personajes que formaran parte de su equipo para derrotar a los Helghast, incluyendo a su ex-amante, la Comisaria Encubierta Luger, que trabaja para una agencia de Operaciones especiales, un especialista en armas pesadas llamado Rico Velásquez y el coronel Helghast Gregor Hakha, aunque después se descubre que es un agente operativo de la Alianza Interplanetaria infiltrado en las tropas Helghast. Estos personajes son jugables cuando se van uniendo al equipo de Templar. Con la ayuda de estos, Templar recorrerá varios niveles para apoyar a los soldados de la Alianza y así liberar a las ciudades de la invasión.
