Forbidden Siren transcurre en una remota y rural villa en una montaña de Japón llamada Hanuda, la cual está caracterizada por ser muy tradicional y particularmente xenofóbica. La historia del juego transcurre en que los habitantes de la villa se sumergen en las enrojecidas aguas que la rodean aducidos por la "sirena", resurgiendo como Shibitos (muertos vivientes), pero hay un grupo de 10 sobrevivientes a este llamado y se verán atrapados en Hanuda durante 3 días con estos seres, los cuáles vivirán distintas pesadillas a diferentes horas y lugares. Todos los personajes comparten una habilidad en común: el "Shightjack" (vista ajena) donde podrán ver con los ojos de los demás para sobrevivir a la tragedia.
