Han pasado dos años después de lo ocurrido en el juego anterior. Spider-Man está equilibrando su vida de ciudadano y de superhéroe, últimamente ha llegado tarde a la escuela, el trabajo y sus citas con sus amigos. Después de una cena con Mary Jane Watson, Peter frustra un robo armado al museo de arte, y sigue la pista a la ladrona que huyó, la Gata Negra. Poco después de esto, frustra un ataque en las calles de Manhattan por Rhino. Mientras tanto, Doctor Otto Octavius intenta recrear la fusión nuclear de la que se ve en el sol para proporcionar una fuente de energía para Manhattan. Para controlar la fusión, diseñó cuatro brazos que se controlan mentalmente. Su fusión crea un campo magnético que destruye su laboratorio, mata a su esposa Rosie y soldan los brazos a su columna vertebral. Él culpa a Spider-Man por el accidente, a pesar de que Spider-Man no estuviera allí en el laboratorio.
